проще сказать, в чём мультфильмы делать нельзя.
Сейчас средства есть во всех программах, как удобнее, так и делай. В общем случае, флещ или майя.
Процесс происходит так: собираются сценарист, аниматор, режиссёр, звукорежиссёр, закупается ящик пива и доширак на всех, и вперёд.
Можно, конечно, делать мультфильм и в одну каску, но на это способны считанные единицы, а получается что-то хорошее у считанных 0,001.