Скажу ересь по мнению многих, но с высоты человека, который таки участвовал в реально вышедших проектах.
Чтобы сделать vn, нужно делать vn. И проблемы решать по мере поступления.
Поэтому сначала делается "летучка". Это даже не альфа, это банальные строк сорок текста с пробой работы выборов, флагов, звуков, музыки, мутации спрайтов.
На базе летучки составляется список гарантированно рабочих эффектов. Далее пишется сценарий и передаётся скриптеру, который собирает на базе сценария наборку (разбитый на экраны текст с вызовом нужных фонов, болванчиков и т.д.). Потом вместо упомянутых болванчиков просто подставляются нужные элементы.