Фрагментация данных — когда данные, которые должны быть записаны связно, записываются фрагментами.
Фрагментация файловой системы — это когда файлы фрагментируются, то есть, например, когда один файл разносится по двум или более фрагментам, таким образом "размазываясь" по всему физическому пространству для записи.
Чем это плохо: снижается скорость доступа к данным на HDD, на SSD, по идее, оверхед от фрагментации должен быть значительно меньше.
Почему это происходит: либо из-за малого количества свободного места какие-то файлы не влезают сразу целиком, и системе приходится писать их кусками, либо имплементация файловой системы была написана плохо, и таких кодеров надо уволить, а продуктами этой конторы не пользоваться.
Фрагментация в 44% — это дофига, хотя я не помню, этот процент дается по объему данных или по количеству файлов. После одной дефрагментации этот показатель должен был значительно снизиться. В общем, и правда, а не сдыхает ли твой диск?