>>27629

>генерировать сотни тысяч конформеров желания нет
>МД с полуэмпирикой или какими-нибудь генетическими алгоритмами

А это не одно и тоже в итоге выйдет?

>>27630
Да, МД и генетические алгоритмы (туда же идёт Монте-Карло) действительно будут по сути делать много разных конформеров и находить их энергии, но делать это будут они автоматически и по достаточно эффективным алгоритмам. Альтернатива этому - вручную создавать конформеры (их надо будет создать действительно много), вращая двугранные углы мне кажется гораздо менее приятной. Так же, это займёт гораздо больше времени.

Бампану, мало ли...

Можно попробовать МЕТОД ХАРТРИ-ФОКА с каким-нибудь сложным базисом

Ага, тем же заморачивался, и ничего особо не нашёл. Лучшее, что попалось, это вот эта страница:

http://limor1.nioch.nsc.ru/quant/conformers/

На той же странице есть и ссылочка на дискуссию на Кемпорте. Смысл в том, что вначале генерируешь конформеры крайне тупыми программами вроде ChemAxon Marvin, потом их прогоняешь через полуэмпирику, и сортируешь скриптом, выкидывая одинаковые конформации. Подстава, правда, в том, что простые генераторы конформеров никакого индия знать не знают, а потому остаётся извращаться, подсовывая вместо индия какой-нть известный программе элемент с пятью заместителями. И потом уже в сгенерированных конформерах менять этот другой атом на индий. Гемор, да, однако работает. Все конформеры не найдёшь, но большинство - наверняка.

Ёптыть, не заметил, что топик ОП запостил ещё в феврале. К этому времени котик уже сдох, наверное.

>>28391
ОП тут и скрипт, особенно его часть которая удаляет конформации с маленьким РМСД его весьма заинтересовала. Спасибо.
Сразу возник ещё один вопрос - есть ли какие способы группирования конформеров? Или может какая программа, которая бы группировала оптимизированные конформации и показывала типичного представителя каждой полученной группы.

>>28394

Скрипт вообще убойно хорош, если честно. Если мой Альцгеймер мне не изменяет, на выхлопе этот скриптик для удобства сортирует структуры по энергиям, посчитанным полуэмпирикой. Полуэмпирика, конечно, метод так себе, но по соотношению цена/качество переплёвывает все остальные методы. Вкратце, работает скрипт так: сортирует все начальные структуры, выкидывая похожие по RMS. Далее оптимизирует всё мопаком, и опять сортирует, теперь уже выкидывая повторы по двум критериям: RMS и энергия. Каким методом ты заготовишь начальные структуры, скрипту пофиг. Хоть генераторами конформеров, хоть каким-то систематическим поиском. После прогона через скрипт, остаётся не так и много структур, и их уже желательно просмотреть вручную, хоть каким-нть molden-ом. Конечных структур там пара десятков будет максимум, за полчаса управишься. Ну а дальше уже хоть DFT, хоть что угодно. Кстати, для этого соединения советую в DFT с растворителем считать. А то для трифлата металла в вакууме можно насчитать эпичной хуеты. Впрочем, хуеты везде насчитать можно, было бы желание. Куда такой комплекс предназначен то?

>>28396
Сегодня нашел время попробовать запустить скрипт, и чего-то он у меня ничего не удаляет. Запускаю я его на кучке посчитанных мопаком файлов. Он их конвертирует в xyz бабелем, пишет сверху энергию, моменты инерции и на этом затихает. Запускал его на xyz файлах с тем же успехом. Одинаковые конформации точно есть. ЧЯДНТ?

Экспериментаторы с помощью МС довольно неплохо изучили одну реакцию циклизации. Трифлат индия в ней является катализатором. Идея - попробовать это смоделировать с помощью ДФТ или ещё чего и посмотреть, как полученные результаты с экспериментом сойдутся.