У животных нет ни одного гена, который бы кодировал только одно свойство. Так как личинка животного по большей части зависит от генотипа отнюдь не полностью, то не может вдруг взяться и нарисоваться в генетичесском коде здорового существа абсолютно новая последовательность.
Генотип животных по большей части меняется посредством ошибок в транскрипции на стадии развития зародыша. То есть происходит сбой и вместо или вместе с печени вырастет печень1, которая почти такая же, но у неё ещё есть функция смешные шутки, которая увеличивает приспособляемость существа. Так появляется подвид. Я надеюсь, ты понимаешь, что если шутки у печени1 несмешные, а ещё из-за её появления сыпь, то эволюция отбраковывает особь. Это механизм постепенной мутации. Но исторически более важное, но гораздо меньшее место занимают случайные скачкообразные мутации.
Например, жило-было многоклеточное бесформенное нечто. Ест оно чего-нибудь и срёт кальцием. И тут ХУЯК из-за вспышки на солнце родился мутант, который срёт кальцием в себя. Но пожил этот мутант и оказалось, что срать кальцием в себя может быть полезно, так как это позволяет иметь скелет. И постепенно путём постепенной эволюции, как это было выше, сраньё кальцием в себя превращается в эмбриональную стадию развития, когда плод строит себе скелет.
Но такие скачкообразные мутации чаще всего приводят к нежизнеспособным высерам. Если же мутация оказывается не вредной для выживания, то особь просто постепенно приспосабливает плавной мутацией этот лишний орган к чему-нибудь.
Также есть обратный процесс, когда крайне нужный орган в прошлом оказывается не нужен. На отрезках в миллионы лет такие органы атрофируются. В генотипе они даже остаются, но, грубо говоря, меняются правила считывания генотипа . Поэтому вместо серьёзного хвоста у нас вырастает копчик.
В современности эволюция замедлилась, так как за миллиарды лет эволюционного развития биологичесская жизнь стала почти совершенной в данных условиях. Если при динозаврах новые виды появлялись постоянно, то сейчас - хрен.
А в общем, почитай Маркова рождение сложности - там всё хорошо написано.
