2016+ - Запускается проект Luciferase. Элитным солдатам вводят вещество Luciferase, они деруться против Легиона, однако в конце концов их уничтожают. Последующие исследования показали что Luciferase более эффективен при введении молодым пациентам, что приводит к созданию Hamelin Organization для борьбы с Легионом, состоявшей из подростков, чьи тела были совместимы с Luciferase. Военные возлагают большие надежды на эту организацию. Основана National Research Weapons Laboratory с целью использования энергии Maso для создания оружия. Легион и Hamelin сражаются по всему миру, известность организации неумолимо растет, как и ее ряды.
2025 - Созданы первые репликанты как элемент процесса Гестальтизации. Они являются решением проблемы когда душа теряет свое тело. Эксперименты оказываются удачными и проект Гестальт снова набирает обороты.
2030 - Лидер Легиона, Red Eye убит членами Hamelin в Иерусалиме. Легион больше не способен координировать свои действия и не представляет угрозы. Однако это не останавливает быстрое распространение White chlorination syndrome.
2032 - Лекарства все еще нет, проект Гестальт вновь представлен публике. В этот раз, стоя перед неизбежной угрозой болезни, люди соглашаются быть гестальтизированными. Проект Гестальт набирает популярность по всему миру, люди позволяют разделить их души и тела, чтобы быть разбуженными когда эпидемия болезни окончиться. Созданы андроиды для наблюдения за проектом. В следующем году создан The Grimoire Project, который позволял трансформировать Гестальта в книгоподобный сосуд. Всего было создано 13 книг, первые две из них - Grimoire Noir и Grimoire Weiss. Если эти два гримуара будут активированы одновременно, то все Гестальты разом соединяться с их репликантами.
2053 - начало NieR Replicant (японская версия NieR Gestalt берет начинается в 2049). Последующие исследования проекта Гестальт показали, что у репликантов со временем случается relapse (рецидив?) - они начинают распадаться, если пробудут в состоянии репликанта слишком долго.
2058 - Дочь Ниера, Йона, зараженная болезнью, впадает в сон. Чтобы спасти дочь, Ниер заключает договор с одним из гримуаров - он становится изначальным Гестальтом (the original Gestalt) и получает имя Shadowlord. Он собирается снова жить со своей дочерью через тысячу лет, когда она выйдет из сна, излечившись от болезни. Предполагается, что Ниер, будучи Shadowlord, предоставляет генетический материал, который не дает проекту Гестальт провалиться. В течении тысячи лет репликанты все еще успешно сражаются с остатками Легиона. Однако они превращаются в живых существ, создающих собственную культуру и отдаляющихся от Гестальтов. Одна из репликантов, пытаясь вернуть своего возлюбленного из мертвых, совершает путешествие в Иерусалим. Там ей удается успешно воскресить другого репликанта, но он не подает признаков оставшихся воспоминаний или личности. Тело репликанта оказывается захваченным Red Eye, его глаза становятся красными, Легион снова возрождается. Однако спустя 11 лет его снова уничтожают.
3288 - Гестальты восстанавливают свое сознание что приводит к конфронтации с репликантами. Тем временем Ниер продолжает свою жизнь с Йоной, которая, однако, по прежнему больна и Ниер начинает путешествие в поисках лекарства. По дороге он встречает мечницу Каине (Kaine), подростка Эмиля (Emil) и магическую говорящую книгу. Вместе они ищут лекарство и сражаются с мистическими существами - тенями (Shades). Каине оказывается наполовину тенью, наполовину человеком (репликантом?), а Эмиль - секретным оружием, частью организации Hamelin. В концовке игры D Ниер жертвует собой ради спасение Каине. Он исчезает из мира, все связанные с ним воспоминания так же исчезают. Поскольку он был изначальным Гестальтом ака Shadowlord и предоставлял генетический материал для стабильности проекта Гестальт - жертва Ниера приводит к гибели оставшихся Гестальтов.
3473 - Каине находит механическую башню посреди леса, известного как Forest of Myth, которая создает новых репликантов из уже существующих и по сути является ядром проекта Гестальт. Здесь она встречает неизвестного молодого человека, представившегося как надзиратель леса (overseer of the forest). Он заявляет что подобен (claims to be of similar existence) книге Grimoire of Weiss и способен контролировать жизни Гестальтов и Репликантов. Надзиратель так же утверждает, что лес является местом, где древняя раса людей изучала нечто, известное как "демонический элемент", которым являлся Масо. Он раскрывает что область входит в "финальную фазу" и что "обратный отсчет" уже начат. Эмиль, восстановивший свое тело после событий NieR, помогает Каине атаковать башню. Надзиратель тем временем обвиняет Каине в чем-то, что она не может вспомнить, затем заявляет что текущий мир является ошибкой. Вместе, Каине и Эмиль достигают энергетического ядра башни, где Каине слышит знакомый голос, говорящей ей уйти. Тем не менее Каине не прислушивается, и достигает яркого света, испускаемого источником. Свет исчезает и Каине воссоединяется с Эмилем и молодым Ниером.
4198 - Спустя 725 лет погибает последний Гестальт.
5012 - На планету нападают инопланетяне, начинается "The Space War". Для борьбы с нападающими, Эмиль создает более 85 миллионов собственных копий, однако тем не менее машины получают контроль над землей.
5645 - Происходят действия новеллы "The Fire of Prometheus" где робот по имени Beepy выбирается из груды металлолома с целью найти роботов, людей и инопланетян, казалось бы на планете мир. Однако через некоторое время начинаются несколько новых войн, андроиды объединяются в отряды, однако инопланетяне слишком сильны.
11939 - Идет 14 война, остатки людей на луне занимаются разработкой новых андроидов для войны с машинами. Создаются первые YoRHa.
11945 - Действия NieR Automata.
