1) Везде ото рта до ануса. Слюна начинает расщеплять углеводы, желудок белки, кишечник с помощью желчи липиды. Слизистая кишечника и желудка различны абсолютно: попадание в избытке желудочного сока в кишку - язва 12-перстной; попадание желчи в желудок - гастрит и язва желудка. Тонкий кишечник нужен для всасывания всего подряд, он имеет огромнейшую площадь соприкосновения с добром за счет микроворсинок.
2)Вода вместе с электролитами всасывается в общем-то везде, начиная с желудка или даже ротовой полости. Желчь спокойно проходит в толстый кишечник и придает характерный окрас добру. Часть желчи рециркулирует из кишечника обратно в печень.
3)Вода в кишечнике не гниет, а всасывается. И еда тоже. Но холодная вода вызывает спазм желудка и при этом его наполнение, что вызывает ускоренный сброс содержимого дальше по тракту. В кишечнике все в принципе происходит своим чередом, но таки да, если в желудке еда побывать совсем не успела, то недопереварится, будут газы и диарея возможно.
4)Адсорбированные на нечто, похожее на активированный уголь, бактерии вполне себе могут пережить желудок. Бифидумбактерин есть в свечах для любителей per anus. Думаю, проблема в том, что, путешествуя естественным направлением от желудка к анусу, бактерии могут все равномерно колонизировать, а от клизмы подобного результата не получится (а массивная клизма еще и выйдет обратно быстро).