Тысячи лет назад жил великий волшебник Боллос, чьи способности и возможности многократно превосходили способности обычных людей. Он использовал свою силу на то, чтобы помогать людям и направлять их, поэтому они любили его и доверяли ему даже больше, чем их королю. Со временем король начал ревновать и заточил Боллоса. От ужасающих пыток сознание Боллоса помутнилось, магическая сила вырвалась наружу и король вместе со своим замком были моментально уничтожены огненной разрушительной волной. Боллос не мог больше контролировать свою магию, и в припадке убил жену и детей, после чего сжег все королевство дотла. От его рассудка остался лишь след, и, смотря на умирающих родственников, он смеялся и ужасался одновременно.
Когда сестра Боллоса, ведьма Дженка, узнала о том, что её брат сошёл с ума, она заточила его в тюрьму на парящем в небе острове. Боллоса можно было освободить от мучений только убив его, но Дженка слишком сильно любила его.
Остров парил в воздухе за счёт Ядра, живущего в глубине острова. Для защиты Ядра Дженка создала вокруг него лабиринт и запечатала вход к Ядру огромным валуном. Лабиринт был населён гауди, расой огромных насекомых, чтобы они одновременно охраняли проход и не могли напасть на мимиг — питающихся цветами кроликоподобных существ, также населяющих остров. Её силы иссякли, и она отправилась на покой в Песчаную Зону — пустыню на острове — и начала разводить щенков.
У Дженки была дочь по имени Мизери. Она, также обладая магическим даром, заставила Боллоса создать Корону Демона, которая направляла бы силу Боллоса по желанию того, кто наденет корону. К её несчастью, на корону было наложено заклятье, заставляющее Мизери вечно и беспрекословно служить носителю короны.
За десять лет до начала сюжета самой игры страны с земли послали на остров роботов с целью принести Корону Демона. Роботы были уничтожены, но и многие мимиги пали в этой битве. Чтобы защитить самих себя, мимиги начали выращивать Красные Цветы.
Хотя мимиги питаются цветами, Красные Цветы для них опасны. В цветке содержатся два химических компонента: один вызывает моментальный мышечный рост и мутацию, другой же — галюциноген, вызывающий полную потерю сознания. Этот галлюциноген можно кристаллизовать в Красный Кристалл и считается, что именно он окрашивает цветы в красный цвет.
Через какое-то время один человек с земли всё-таки завладел Короной Демона, и роботы были повержены. Мимиги в это время все ещё находились под воздействием красных цветов, и владелец Короны направил их в атаку на землю.
Квоут (безмолвный протагонист, чьё имя игрок узнает только при определённых усилиях с его стороны) и Кёрли Брейс были двумя особыми роботами, которых отправили на остров, чтобы уничтожить Корону вместе с её владельцем раз и навсегда. Их невиданные сила и ловкость позволили им ранить владельца, но победить его они не смогли — им стерли память и разбросали по подземным пещерам острова.
Незадолго до начала игры, группа исследователей прилетает на остров на вертолёте. В её составе — учёная Моморин Сакамото, её дети Сью и Казума, профессор Бустер, инженер Итох, и бортовой доктор Фуюхико Дэйт. Доктор знал о существовании короны и присоединился к группе только ради того, чтобы попытаться её найти, чем он начал заниматься непосредственно после посадки вертолёта на остров. Начальная заставка показывает его в тот момент, когда он нашёл корону вместе с Мизери и Балрогом, двумя слугами короны, парящими в воздухе вокруг неё.
Как только Доктор завладел короной, он стал строить планы по захвату мира: он заставил мимиг выращивать и потреблять Красные Цветы, и направил армию обезумевших мимиг на «поверхность» (землю). Остальные члены исследовательской группы не были согласны сотрудничать, и Доктор приказал их уничтожить. Прежде чем сбежать, Сью и Итох были превращены Мизери в мимиг. Казума воспользовался телепортатором, но оказался в запертой комнате. Моморин Сакамото в страхе за свою жизнь повиновалась Доктору, и как только он нашёл Красные Цветы, она должна была быть сброшена с острова, однако она укрылась на Плантациях, разрабатывая план по уничтожению доктора в своей небольшой подземной лаборатории.
Сью спряталась в деревне мимиг. Некогда густонаселённая, в тот момент деревня насчитывала всего шесть жителей из-за того, что Доктор забирал мимиг ради своих экспериментов, своей армии и плантаций.
Игра начинается с того, как Квоут просыпается в подземной пещере неподалеку от деревни мимиг.
