По личному опыту нужно сносить всё. Легче потом всё установить по новой и настроить с нуля, чем хентаится с пересадкой бэкапов. Рань ше было легко, можно было сохранить копию папки Program Files и 90% программ при этом продолжало работать. Тем более все настройки и прочие специфиные связанные файлы хранились непосредственно в папках программы. А сейчас всё размазано по системе как в линуксах. Пересадка же Documents and Settings только наделает глюков. Так что всё ценное при первой настройке винды лучше сразу выносить на отдельный логический диск чтоб потом мазохизмом не страдать. И да, если диск не SSD, то лучше вынести браузеры и их кэш так же на отдельный персональный логический диск. Иначе они шибко сильно фрагментируют системные файлы.