Больше продукта и дешевле(значительно) - на прокариотах. Но у прокариот нет некоторых систем модификации, которые есть у эукариот, либо они работают не так (фолдинг белка, подвешивание к белку различных функциональных групп, без которых он не будет работать и пр.). То есть, в бактерии можно делать дешево и много, но не все можно и не все будет работать как надо.
Не стоит забывать, что трансгенных эукариот можно выращивать в традиционном с/х и получать нужный нам белок из молока(так сейчас делают не аллергенный интерферон) или из моркови и пр. что можно насобирать с поля. Это удобно и дешево выращивать(что спорно), но дорого разрабатывать.
